Selçuk İnan, futbola doğduğu şehrin kulübü olan Karaağaç Belediyespor'da amatör olarak başladı. 14 yaşındayken, Mehmet Kurt isimli antrenörünün tavsiyesiyle Çanakkale Dardanelspor'a gitti. Seçmelerde beğenilerek üç yıllığına takımıyla anlaştı. Bekar futbolcuların evde kalması yasak olduğu için kulübün tesislerinde kaldı ve liseyi de Çanakkale'de bitirdi. 2,5 sezon PAF takımda oynadıktan sonra takımın başına Metin Tekin'in geçmesiyle A takıma yükseldi. A takımda sürekli olarak oynayan Selçuk, dört yıl oynadığı takımda 76 lig maçına çıkıp 6 gol attı. 2005-06 sezonunun devre arasında Ersun Yanal yönetimindeki Manisaspor'a transfer olarak, yeni takımıyla 4,5 yıllık sözleşme imzaladı. İlk lig maçına 21 Ocak 2006'da MKE Ankaragücü ile oynana maçta çıkarken, ilk golünü iki hafta sonraki 3-1 kazanılan Sivasspor karşılaşmasında attı. Sezon sonuna kadar çoğu maçta görev alan Selçuk, 2006-07 sezonunda takımın değişmezlerinden biri oldu. Kulübü gibi kendisi de lige çok iyi başlamasına rağmen, ilerleyen haftalarda düşüşe geçti. O sezon oynadığı 2751 dakika ile takımının en fazla forma giyen ikinci ismi oldu. Ertesi sezon adeta takımının kaptanı olan Selçuk, gösterdiği performansla büyük kulüplerin transfer listesine girdi. Sezon boyunca 30 maça çıkıp 5 gol atmasına rağmen takımının küme düşmesini engelleyemedi.

Selçuk İnan, Manisaspor'un küme düşmesinin ardından 31 Mayıs 2008 tarihinde eski teknik direktörü Ersun Yanal'ın başında olduğu Trabzonspor'la 3 yıllık sözleşme imzaladı. Yeni kulübünde 8 numaralı formanın yeni sahibi olan Selçuk, ilk lig maçına sezonun ilk haftasındaki Ankaraspor ile oynanılan ve 2-0 kazanılan karşılaşmada çıkarken, ilk lig golünü de bu maçta attı. Bir sonraki haftayı da boş geçmeyen genç futbolcu, 1 Kasım 2008 tarihli 4-0 biten İstanbul Büyükşehir Belediyespor maçında takımının ikinci golünü atarak Trabzonspor'un tarihindeki 2000. golüne imza attı. Sezon boyunca istikrarlı performansını sürdüren Selçuk, teknik direktör Ersun Yanal'ın takımdan ayrılmasından sonraki ilk maç olan Kayserispor maçında oynamadığı için basında eski teknik direktörünün gidişine üzüldüğü ve kulübe tepki gösterdiği haberleri çıktı. Ancak daha sonra karşılaşmaya sağlık sorunları nedeniyle çıkamadığını açıkladı. Başarılı futbolcu bordo mavili takımdaki ilk sezonunda 32 maçta forma giyip 3 gol attı.

Selçuk İnan, 2009-10 sezonunda çıktığı ilk maç olan Sivasspor karşılaşmasında gol atarak, bir önceki sezon olduğu gibi bu sezonda da takımının ligdeki ilk golünü attı. Zaman zaman yaşadığı hastalıklar sebebiyle ilk 11'in dışında kalan Selçuk, Kayserispor'la oynanılan 10. hafta mücadelesinde 29. dakikada oyuna girdi ve takımına galibiyeti getiren ikinci golde Ceyhun Gülselam'a asist yaptı. Başarılı futbolcu, Trabzonspor'un zor günler geçirdiği bir dönemde Eskişehirspor ile oynanılan ve 2-1 kazanılan karşılaşmada takımının ilk golünü atarak bordo mavililere nefes aldırdı. Takımın başına Şenol Güneş'in takımın başına gelmesiyle çoğu maçta 90 dakika forma giyen Selçuk, sakat olduğu Manisaspor ve Ankaragücü maçları hariç tüm karşılaşmalarda forma giydi. İlk kez bir kupa sevinci yaşadığı Türkiye Kupası'ndaki tüm karşılaşmalarda forma giyerken Fenerbahçe ile oynanılan final maçında takımı mağlupken Umut Bulut'a attırdığı beraberlik golüyle bordo-mavilileri ateşleyen Selçuk, kupanın kazanılmasında büyük pay sahibi oldu. Sezon boyunca 28 maça çıkıp 2 gol kaydeden başarılı orta saha oyuncusu, sezonun sona ermesiyle milli takımın ABD'deki hazırlık kampı kadrosunda da yer aldı.

2010-11 sezonu başında yazılı basında sıkça Galatasaray'ın Selçuk'la ilgilendiği yönünde haberler çıktı. Ancak Selçuk ve Trabzonspor yönetimi bu haberleri yalanladı.

2011-12 sezonundan itibaren geçerli olmak kaydıyla Galatasaray ile 5 yıllık sözleşme imzaladı.