1998-1999 sezonunda John Benjamin Toshack'ın isteğiyle (21 Yaşında) 8.750.000 $ Dolar gibi rekor bir ücretle, sansasyonel bir transfer olarak Beşiktaş'a imza attı. Siyah beyazlı kulüpte üç yıl top koşturan Ayhan Akman, 81 maçta 19 golle oynamasına karşın geçirdiği sakatlıklar nedeniyle giderek takımdan uzaklaştı.

Ayhan Akman, 2000-2001 sezonunun sonlarında yaşadığı sakatlıklar nedeniyle, üç ay gibi büyük bir dönemi kadroya giremedi. Sakatlık yaşadığı ve bir türlü sahalara dönemediği dönemde, takımın başında olan Alman çalıştırıcı Christoph Daum'un, Akman 'ın gereksiz olduğunu söyledi.

Beşiktaş'ın Gaziantepspor'a 3-1 yenildiği maçda, Ayhan Akman 'ın kulübede gülmesine kızan taraftarlar havaalanında Ayhan 'ı tartaklıyor, güvenliğin araya girmesiyle olaylar dahada ciddileşmeden önleniyordu. Yaşananların ardından, Ayhan 'ın ağzından şu ifadeler dökülüyordu:
“ "Oynamadığımda bile suçlanan ve saldırılan ben oluyorum, her başarısızlığın ardından öfkenin hedefi benim. Açıkcası sebebini anlayamıyorum."    ”

Aynı dönemde, Mircea Lucescu ile yeni bir yapılanma içinde olan Galatasaray kulübü, Gheorghe Hagi'nin futbolu bırakması, Okan Buruk ve Emre Belözoğlu'nun İtalya'nın dünyaca ünlü kulübü İnter'e transferinin ardından orta saha arayışı içersinde Ayhan 'la ilgilenmeye başladı.

Yaşananların ardından Beşiktaş kulübü, Ahmet Yıldırım ve Mehmet Aksu‘nun yanı sıra, 500 bin dolar karşılığında Ayhan 'i Galatasaray kulübüne verdi.

Mircea Lucescu’nun sisteminde orta saha'da defansif görevler de almaya başlayan ve yine bu dönemde sıkça sol kanatta da başarıyla görev yapan Ayhan Akman, Fatih Terim ve Gheorghe Hagi dönemlerinde ön libero, Eric Gerets ile beraber sol açık olarak oynadı. Karl-Heinz Feldkamp ile tekrar ön libero da görevi yapmaya başlayan Ayhan Akman, teknik direktör Michael Skibbe ile Lincoln'un olmadı maçlarda oyun kurucu olarak da görev almaya başladı.

2008-2009 sezonunda Hasan Şaş ve Ümit Karan'ın ardından Galatasaray 'ın 3.kaptanı oldu.Bu sezonda gösterdiği performansla seyircilerin gözüne girmiştir.2009-2010 sezonunda Arda Turan'dan sonra 2. kaptan olmuştur. Emektar futbolcunun son 2 sezondur performansında büyük düşüş görülür. Mücalede etmesine rağmen, top tutuşlarda ve pas alış verişlerinde bir çok hata yapmaktadır. Ayhan Akman yıllar sonra 18.09.2010 tarihinde Bucaspor 'a karşı şık bir gol atmıştır.